医院作为医院管理制度、管理体系的制订者，负责对科室层面的管理，以保证科室的医疗行为及其他各项工作在医院统筹下科学、规范、有序地运行。科室管理是医院管理的中心环节。在医院管理中，往往存在科室管理问题在医院层面强调多，但在操作层面即科室层面落实差的现象。

　　四川省自贡市第一人民医院曾晓奇等在《中国医院》杂志2012年第4期发表了《综合性公立医院对临床科室管理困境解析》文章。作者从综合性公立医院对临床科室管理的角度，分析了医院的行为特征、科室层面管理面临的困境，指出院科两级管理常存在管理脱节及科室间管理不平衡的问题：创收压力，科室在以经济为背景的考核下，无论从医院的角度还是从科室利益本身的角度都面临极大的创收压力；灰色收入对科室管理的影响；信息不对称，科室层面与医院层面的管理者所获取的各项管理信息存在极大的差异；科室的长期管理与短期管理行为，在医院管理中，医院多实行目标责任制管理，医院对科室实行目标考核，对科室主任实行任期考核；科室的自律性监管能力不足等。在此基础上提出管理建议：加强信息化建设，通过医院信息化建设，利用大样本的管理数据，深入进行医院、科室层面数据挖掘，将医院、科室管理由经验管理真正过渡到科室管理上来；制订科室管理指标体系；推行“科室主任事业发展目标责任制”，搭建科室管理平台，畅通科主任管理渠道，将科室主任的工作重点限定在长远规划和事业发展的后劲上等。